Animar un personaje no sólo consiste en controlar que la geometría no haga lo que quiera, y evitar que se "crucen" dos modelos. Es algo bastante más complejo que eso.
Lo que comentas sí que estaría muy bien: que los modelos no pudieran montarse unos encima de otros. Eso sí sería una revolución. De momento, las bases del 3D están planteadas de otra manera. Y así hemos de seguirlas
¡Saludos!