Una idea loca por aqui... prueba convertir la caja a editable mesh o editable poly y grábalo de nuevo a ver que tamaño te da. Es posible que lo que veas sea solamente una caja, pero que por detras tenga un stack gigantesco de edit meshes, booleans o cualquier otras cosas que hayas hecho hasta llegar a la caja..
Solamente una idea..