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Existen muchas formas de compilar e instalar software libre y todas ellas funcionan en las diferentes distribuciones de Linux, algunos programas ya vienen precompilados y otros hay que compilarnos nosotros. En el caso de Ubuntu la forma en como vienen empaquetados los archivos son con la extensión .deb, en RedHat la extensión por defecto para los archivos a instalar es .rpm y en otros casos los archivos vienen sin la precompilación y es entonces donde devemos compilar el programa para poderlo ejecutar.

La ventaja de tener un programa de esta forma, es que podemos agregarle características que nosotros programemos y ejecutarlas dentro del programa.

Estructura de una distribución o programa

una distribución generalmente viene comprimida con la extensión tar, gz,bz,bz2, etc...si descomprimes el programa (clic derecho extraer aquí, o desde consola: tar xvfz NombreDelPrograma.tar) verás que contiene varios archivos que generalmente son:

-INSTALL este archivo describe el proceso de instalación
-README contiene información del programa, una descripción, URL de donde se puede descargar, etc
-COPYING es la licencia del programa.
-CONFIGURE este archivo genera otro archivo llamado Makefile que nos permitirá instalar el programa posteriormente.
-Un directorio que contiene los archivos fuente y donde se almacenan los archivos Binarios al finalizar la instalación.
-Un directorio que contiene la documentación del programa generalmente llamado DOC

Configuración de un programa
Como ya mencionamos los archivos fuente se pueden ejecutar en cualquier distribución de linux, pero antes tenemos que configurarlo; existen tres formas de configurar un archivo y son:
-AutoConf, configura y crea los archivos necesarios para la configuración.
-imake, Configura el sotware creando un archivo Makefile
-con un Script shell, generalmente se ejecuta un archivo install.sh o configure.sh

Ejemplo AutoConf:
en consola escribimos ./configure y el programa se encargará de configurarlo, eso es todo.
Posibles errores
El error más común es: error: Cannot find library NombreDeLaLibrería, solobusca la libreria en internet e instala, si tienes ubuntu buscala en synaptic o desde la consola, sudo apt-get install NombreDeLaLibreria
También puedes buscar la librería en /usr/lib, ó /lib, dependiendo de tu distribucíon de Linux.

Ejemplo Imake:
en consola ejecuten: make Makefile y listo
Posibles errores
Son los mismos de arriba, casi siempre es por dependencias de librerías
Ejemplo Scripts Shell
en consola NombreDelScript.sh o verifiquen el archivo INSTALL para ver la forma de instalación.

y ustedes dirán, cual es la que tengo que utilizar, bueno para eso está el archivo INSTALL, abranlo (con un editor de textos, doble clic, clic derecho abrir con, en una terminal gedit NombreDelArchivo, etc, hay mil formas) y dentro de el se encuentran los paso para instalar el programa

Compilación de un programa
Después de configurar debemos de compilar para obtener los ejecutables de nuestro programa.
la forma más fácil de compilar un programa es con el comando make
Ejemplo de compilación:
en consola ejecuta: make y listo, esto compilará nuestro programa pero no lo instalará, si lo quieres instalar ejecuta make install dentro de la consola

Generalmente eso bastará para tener un programa funcionando directamente desde las fuentes, pero en algunas otras ocasiones tendremos que utilizar otras técnicas como utilizar directamente el compilador para C (en el caso de que nuestro programa esté escrito en ese lenguaje de programación)
Ejemplo: Desde consola escribe gcc -c NombreArchivo.c -o NombreArchivo.o
esto es cuando tengamos un archivo con extención .c pero primero, recuerda leer er archivo INSTALL para saber que es lo que tienes que hacer.

Bueno se que fue mucha teoría pero espero que les sirva