El problema está en que lo entendiste justamente al revés: cuando abres un archivo antiguo en una versión más nueva de Max, te avisa "los datos de este archivo son obsoletos", y cuando guardes, "actualizará" el archivo a la versión 6. Básicamente, te avisa para que no grabes y luego intentes abrir el archivo con la versión de Max a la que corresponde, porque no te va a ser posible
Para mantener algunos modificadores, por ejemplo Skin, puedes exportar a .FBX, y luego importar desde la versión anterior de Max. También te exporta algún modificador más, pero ahora mismo no recuerdo otro más que ése y Morpher. Es cuestión de probar
¡Saludos!