No sé a qué te refieres con "los mismos procedimientos", pero los plug ins de cualquier versión anterior a Max6, por lo que recuerdo, no funcionan en ésta. Si mantienes las dos, creo que no vas a tener ningún conflicto en el sistema, salvo del derivado de trabajar con un archivo en Max6 y luego querer pasarlo a Max4
¡Saludos!