Jose, para hacer lo que dice Karras (que las manchas coincidan) puedes hacerlo muy fácil con
Blender. Si el mapa de textura esta completamente desplegado (que ninguna cara comparte el espacio con otra) puedes pintar las manchas directamente sobre el objeto 3d en Texture Paint mode:
-La parte de Unwrapear el modelo me la salto, que eso ya lo tienes.
Entras en modo Texture Paint

-Veras que el cursor se humilde en un pincel. Puedes pintar directamente sobre el modelo 3d, así no tienes que preocuparte del mapeado.
Puedes usar el botón del cubo con una cara pintada (justo a la derecha del combo de Texture Paint, mira la imagen) para hacer una máscara de las caras: solo se pintaran las que selecciones.
En la parte izquierda tienes todas las herramientas y los tipos de pinceles.
No es como para ponerse a hacer la textura, pero una vez tengas más o menos las manchas, guarda la imagen del visor (uv > image > save as image) y ya puedes agregarle los detalles desde
Gimp o Adobe
Photoshop sin preocuparte de los cortes.
Edito: lo malo de esto (que yo sepa) es que solo puedes pintar un objeto a la vez. Para solucionarlo puedes unir todos los objetos en una sola malla con Control + y pintar encima, que Blender ya te separa las texturas. Luego guardas las imágenes, cierras sin guardar el archivo y vuelves a abrir para tener los objetos separados, y solo tienes que, aplicarles las imágenes que has guardado a los objetos.