Tema: El reescalado en Substance Painter se inventa píxeles?

Muy buenas! Últimamente estoy teniendo un problema que me parece irresoluble (al menos sin entrar en código y Python).

Tengo que tilear una serie de texturas de tejidos; estas texturas tienen un tamaño de 4000 x 4000 pixeles (y miden 12 cm en la realidad). Cuando las importo a Substance, automáticamente reescala a 4096 pixels (aquí ya tengo el primer problema, ya que entiendo que los 96 pixeles restantes los está inventando).

El problema más gordo está cuando uso el Smart Auto Tile, donde tengo que realizar el cropeo más grande. Substance vuelve a reescalar (por ejemplo, un cropeo de un 10 por ciento de la imagen original vuelve a ocupar 4096 px), inventando mucha información.

¿Existe algún método para que Substance no cambie la resolución de la textura original y no reescale los cropeos que hago?

Posdata: He visto que Substance tiene un plugin llamado "Substance automation toolkit", el cual añade mucho juego de Python para Designer, pero no sé si me valdrá (no soy experto en código, pero trabajo con programadores, así que no habría problema).

Posdata 2: De ser imposible esto, ¿conocéis algún programa mejor para la edición de texturas?