Mientras estas trabajando puedes crear diferentes pinceles, pero cuando se cierra y se vuelve a abrir, esos pinceles tienen que desaparaecer.
Solo cuando has creado algunos pinceles que quieres guardar, pues guardar la nueva configuración con CTRL+U.
Para solucionar problemas de configuraciones, puedes volver a los valores por defecto de instalación, pero eso te borrará todo lo que hayas activado, como addons, o cualquier otra modificación que hayas hecho.
Para cargar los valores por defecto utiliza, File > Load Factory Settings
Y luego guardar con CTRL+U o. File > Save Starup File.
Soliman, al parecer guardé los cuatro pinceles repetidos. Para borrarlos los desvincule apretando la F. Para adquirir un pincel que he borrado con la F sin querer, debo extraer el mismo de otro archivo con append que no sé de qué va, pero es lo que hay a aprender append.