Hola, muchachos.
Ante todo, Pepone, no te preocupes, estoy fascinado por este doble problema.
Quiero separarlo en dos porque así es cómo nos confundimos:
- El orden y suavizado en el modelado orgánico:
La secuencia qué Karras y yo recomendamos no usar es:
- Shapemerge [SM]
- Turbosmooth [TM]
Lo que vos hacés (TS para modelar / colapsar / SM) es poco común, pero valido. Siempre y cuando no coloques un nuevo TS encima del SM.
La documentación oficial de 3DS Max indica usar MeshSmooth para modelar, ya que tiene más opciones, pero la practicidad de TS es muy tentadora, no lo neguemos. El 90% de las veces TS da la mejor terminación. Dicho esto, nunca suelo usarlo para colapsarlo después. - El maldito Shapemerge :
¿Por qué no corta el interior de tu sanitario?
Encontré la manera visual de explicarlo: porque el lado de afuera le hace sombra.
Así es: la forma se proyecta a partir del contorno y la dirección de la shape elegida. Pero es como un tubo infinito: la posición en el eje de proyección no es tenida en cuenta, sino que corta al primer subobjeto en esa dirección.
Así, si mueves la forma adelante y atrás en el eje en que se proyecta, no altera el resultado en absoluto.
En el ejemplo, la estrella corta el objeto a pesar de estar dentro de él. Deja varios segmentos delante y detrás de ella.

Y además corta solamente al primer subobjeto que encuentra. Así que una shape como la de la imagen deja cortes dispersos por la malla, como si le hicieran sombra a las zonas cóncavas.
Así, tu interior sería una zona cóncava, que estaría en sombras de ambos lados de la proyección.
Podés ver que SM es bastante más limitado que las operación booleanas. No diría de ellas que son radicales sino más completas.
Edito: cuando pruebo este mensaje, veo que ya estáuvieron por aquí.