Superponer imágenes de archivos stl

Hola, estoy haciendo un estudio de investigación en odontología. Básicamente necesito saber cómo superponer imágenes de un.stl, obtenidas de escaneados a bocas. La idea es poder superponer distintos escaneados del mismo sujeto en diferentes situaciones, para así poder mirar el cambio de volumen que puede existir entre la primera imagen y las siguientes. He colgado un adjunto, para mostrarles más o menos a qué me refiero. Esta imagen la mire de un estudio que hicieron el pasado y podían ver las diferencias de volumen entre distintas imágenes. Soy nuevo en esto y quisiera saber si existe alguna software libre que pueda utilizar y como podría hacer para conseguir lo que necesito. Estoy buscando ayuda, ya que no cuento con recursos para comprar software costos os para esto. Soy un investigador y como toda investigación es dura.

Muchas gracias.

Espero alguien acá me pueda ayudar.

-- IMÁGENES ADJUNTAS --
https://www.foro3d.com/attachment.ph...hmentid=211471

Pues no estoy muy seguro de lo que buscas con esa imagen, pero el mejor software libre que te puedo aconsejar es Blender.
http://www.blender.org/download/.

Los archivos STL los trabaja bien, así como otros 20 o 30 formatos diferentes.

No sé si en ese caso sería la utilización de booleanas para unir dos piezas y sumar su UNIÓN.

Lo que te puedo dejar es un link a diferentes tutoriales pues si estás empezando, supongo que, primero tendrás que aprender el funcionamiento del programa para llegar luego a hacer lo que quieres.
http://torrevieja-Soliman.jimdo.com/enlaces/.

Y otro link en el que están seleccionadas varias páginas de YouTube donde hay algunas que son para principiantes y otras un poco más avanzadas.
http://Soliman.jimdo.com/enlaces-youtube-y-web/.

Y un enlace al Manual. http://wiki.Blender.org/index.php/Doc:ES/2.6/Manual y en inglés que es un poco más completo http://www.blender.org/manual/.

Y en concreto, un video sobre el modificador Boleano.

https://youtu.be/pcUe-ab_jQs

Y lo del formato, se puede trabajar con objetos con diferentes formatos y luego exportar en formato STL con facilidad, por lo que puedes cargar archivos en OBJ, DAE, etc y luego exportarlos STL.

Y en este video, hay un trabajo parecido a lo que pides, pero utiliza unos addons que desconozco (Enlace) (enlace2) y que deben ser especial para esa persona.

https://youtu.be/nKOKMz0YB74

Y si en Google pones DENTAL Blender te sale bastante información (aunque mezclada) sobre el tema dental en particular.

Aunque hay algunos por lo que veo, que utilizan ADONS creados expresamente para esos trabajos en concreto.
ENLACE.
https://www.youtube.com/user/OpenDentalCAD Saludos.