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Hola, estuve modelando un personaje en Maya 2010 pero al unir las partes me quedaron polígonos de otro color, ¿cómo se muestra en la imagen. http://s2.subirimágenes.com/otros/6774023p.jpg.
Estoy seguro que hay una forma de arreglar eso, pero no sé cómo, espero que puedan ayuda.
Todo parece indicar que lo que pasa es que te quedaron algunos Edges duros, selecciona las caras o los Edges que estén así y dale normals/soften edge.
E parece más un problema de las normales de los polígonos trata de poner las normales todas para el mismo lado normal/Conform.
O también podría ser que tienes los vértices sin pegar entre sí en esa zona, si tienes el Maya 2012 usa merge vertex tool del menú edit Mesh, y así pegas los vértices, si tienes una versión anterior creo que era la herramienta merge.
Ten en cuenta también que al pegarlos tienes luego que darle otra vez a soften normals, para que se redondeen.
Posdata: he intentado grabar un video, pero la calidad es muy mala así que, te lo he explicado con palabras. Espero que te funcione .