A veces puede ser debido porque los objetos tienen caras internas que se temdrían que borrar.
De todas formas, si quieres invetir una sola cara, (primero tienes que ver cual es la invertida) puedes hacerlo, primero (en Edit Mode) en properties > Mesh display marcas la casilla Faces y esto hace que de las cara salga una línea de color azul, que es la que indicad la normal (puedes cambiar la longitud de la línea en normal size).
Una vez detectas esa cara invertida, en tool shelt (t) la seleccione y pinchas en flip direction (invertir la dirección).
Aunque lo suyo sería que las casa estuvieran bien terminadas sin dobles vértices o dobles caras.
Prueba también si quieres a (en Edit Mode) seleccionar todos los vértices y (w > remouve doubles) por si son vértices duplicados.