Hola de nuevo.
Me he descargado el vídeo para probarlo, y aplicando el truco del Timecode (asegurarse de aplicar Rebuild proxy and Timecode indices al strip del vídeo) y trasteando una cosa más (custom frame rate y timebase, importante) el tema se me resuelve y el clip del vídeo dura lo previsto en el visor, exportando el resultado a h.264, xvid con los parámetros que se ven, se ha mantenido el resultado, el audio y el vídeo están sincronizados. Lo que no he probado aún ha sido añadir otro vídeo con otro framerate.
(estoy usando Blender en W7).
Posdata: vaya lío malorico, me parece que hemos respondido casi a la vez, no vi tu anterior mensaje. Bueno, la cuestión es que se resuelvan los problemas, y si no, seguro que se aprende mucho por el camino. A lo mejor hay más de una solución.
Por cierto, interesante la técnica del clonado.