A mí me pasa eso en el Blender 2.57(por culpa del apply visual transform), pero en Blender 2.56 si que me funciona. Si. Pudieras abrir tu archivo en 2.56.
Si lo haces manualmente, lo haces con apply visual transform todo pose ¿no?
Porque en 2.57 o funciona de otra manera o es un bug o no sé.