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Pucks
Para lo del tema anterior, aunque ya lo hayas solucionado.
Al hacer el array, puedes marcar la opción merge, para qué te fusione los vértices que tengas en la misma posición.
Te dejo un ejemplo.
Creas la malla tileable.
Aplicas los modificadores.
Para seleccionar rápidamente los vértices que necesitas borrar, los seleccione con el vertex group (interiores a borrar), y deseleccionas los exteriores que no quieres borrar, (B+botón central del ratón)y los borras.
En modo FACE seleccionas todo y lo extrudes en z, (la primera y la última qué estén muy cerca para marcar el borde, o puedes hacer una grande y luego utilizar Knife con Z y c).