La mayoría de la gente lo que hace es utilizar un laminador, como CURA por ejemplo y copia el código a una tarjeta microSD y la pone en la impresora y ya no se tiene que preocupar de cables, conexiones, etc.
Otra cosa es que utilices el Repetier para un control manual o para otra cosa, pues la verdad es que es muy completo.
Repetier tiene tres divisiones, que son el Repetier-Host, que debe ser el que tienes descargado y tiene el Repetier-Server y el Repetier-Firmware.
El Repetier-Server sirve para manipularla desde una extensión web o a través de puertos.
https://www.repetier.com/
https://ultimaker.com/es/software/ultimaker-cura
CURA es el laminador más usado (si no estoy equivocado) para preparar las piezas y crear el G-Code y es muy completo.
De todas formas he estado pensando y el problema no tendría que ser del programa Repetier, sino que puede ser del ordenador, que tenga algún salvapantallas por ejemplo y que esto provocara el error de conexión y por lo tanto de impresión, pero es solo una idea, no hagas mucho caso.