Lo que te está pasando parece ser un problema con el manejo de la posición Z después del cambio de filamento usando el comando M600 en tu Ender 3. Básicamente, al hacer el cambio de filamento, la impresora no está regresando a la altura correcta de la capa anterior, lo que genera una "capa fantasma". Esto puede estar causado por un movimiento adicional en el G-code antes de ejecutar M600, lo que provoca que la impresora imprima una capa innecesaria.
Revisa que en la configuración de Marlin esté habilitada la opción para el cambio de filamento (M600). Asegúrate de que esté configurado para restaurar correctamente la posición Z después del cambio de filamento. Si no tienes la opción habilitada o está mal configurada, esto podría estar causando el problema.
Si estás dispuesto a modificar el G-code, puedes eliminar el movimiento adicional antes del M600 y asegurarte de que la impresora se quede en la posición Z correcta. Si no quieres hacerlo a mano cada vez, puedes crear un pequeño script que ajuste el G-code automáticamente, eliminando el movimiento que genera la capa fantasma.
Si no estás usando la versión más reciente de Marlin, podrías considerar actualizarla, ya que en versiones más nuevas podrían haberse corregido problemas con el manejo de M600.
Un saludo.
