Yo creo que lo que pasa es que Blender no encuentra los módulos de Python. Lo que debes hacer es poner una variable $pythonpath en tu script de inicio de la Shell (.bshrc si utilizas Bash, como yo) apuntando a dónde están las librerías de Python, que suelen estar en /usr/lib/python2.x.
Eso es lo que creo yo.
Eso mismo pensé yo antes de instalar Python 2.3. Puse en una terminal:
.
Export pythonpath=/usr/lib/python2.4.
/blender.
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Pero me seguía diciendo Python no encontrado. Viendo que las librerías están en distintos directorios me decidí a instalar la versión 2.3, y ahora carga correctamente.