En el material, en Yaf(a)ray, tienes que poner la transparencia a cero.
En el panel de materiales de Blender, tienes que marcar en map to, col y alpha. Y en el panel de texturas tienes que tener marcado también use alpha.
Luego, en los settings de Yaf(a)ray, tienes que poner en Ray Depth y en shadow depth un valor igual al número de veces que la luz tenga que atravesar objetos transparentes, porque si no, los objetos que tengas por detrás de los primeros objetos transparentes, aparecerán opacos.
No sé si me equivocó en algo, pero yo lo he hecho así y me sale bien.