Con el editor de secuencias puedes usar un modificador de tipo transform que te permite mover y escalar la secuencia, si mal no recuerdo. Aunque yo por comodidad pondría el vídeo en un plano como textura y escalaría ese plano hasta dejarlo al tamaño que quisiera. De hecho, si lo aplico como textura en un cilindro ya tendría hasta la parte del anillo solucionada sin tener que entrar con máscaras de alfa.
Sobre la segunda pregunta, lo más cómodo y rápido sería preprocesar esos vídeos para ajustar los colores de los rebeldes antes de empezar a usarlos en Blender. Tienes programas como Virtual Dub que son simples de usar para estos menesteres.
Espero a ver sido de cierta ayuda.