Otra cosa que también puede ser es la existencia de caras o aristas duplicadas. Comprueba bien esa malla que a veces extruyendo aristas suele quedarse por ahí alguna colgada. También puede haber caras en la estructura interior de la malla y ahí no vale con eliminar los vértices duplicados, tienes que localizarlas en Edit Mode > Faces y eliminarlas.
También puedes probar con un script a ver si te funciona. En modo edición > Mesh > scripts > clean meshes. Saludos.