Software para digitalizar ilustraciones
En efecto, para ajustar colores, foco y demás te conviene usar Photoshop, Gimp o algún programa similar; Illustrator (o Inkscape, CorelDRAW y afines) te servirá mucho si tienes un dibujo lineal y quieres trazarlo y tenerlo en curvas (lo que te permitirá escalarlo a cualquier tamaño, entre otras cosas), pero sigue siendo un programa para dibujar y no para retocar. Busca en Google la diferencia entre ilustraciones vectoriales e ilustraciones bitmap para entender mejor las ventajas de cada tipo.
Entre dos males, elige ser el menor.