Me alegro que te funcione, tienes varias cosas que puedo ver que no son "correctas/deseables" en Blender, como que pareces tener la rotación bloqueada en el eje x y el centro fuera del modelo.
Lo del centro es normal (Agisoft pone un origen diferente en cada escaneo), pero al girar el origen de rotación es el centro del objeto por lo tanto tienes un efecto offset que presumiblemente no es deseado. Otro detalle es que el objeto es pequeño para no ser "metros" y si son metros es muy grande creo, o eso me parece (o es por la geometría flotante).
Te pongo como lo hago yo, no será perfecto pero en mi caso me funciona para lo que yo hago:
Y ya depende de lo que quieras hacer con el modelo, si es para impresión 3d tienes que cerrar los agujeros y corregir los defectos y eso.