Pues yo tengo instalados el 2008, 2010, 2011 y 2012, los tengo instalados todos y no me han dado ningún problema. Y eso que recomiendan desinstalar uno antes de instalar otro posterior. Y he desinstalado e instalado muchas veces.
Siento no poder ayudarte porque nunca me he visto en ese problema.
¿Por qué no le envías un email al servicio técnico de Autodesk? Hay programas que para desinstalarlos al 100% necesitan otro programa aparte que ofrece la propia compañía, no sé si es el caso, pero no pierdes nada por intentarlo.
Yo te recomiendo de todas formas, el maya2012, he notado mejoría con respecto al 2011. Si tu 2012 no es original, hazte con otro 2012, te digo yo que es mejor.