Yo te puedo decir que tengo un Hd con el Windows y el otro con el Ubuntu (2 discos separados) y instalar el Ubuntu es la cosa más sencilla que dios ha creado, de verdad.
Solo mete el CD del Ubuntu en el lector, arrancas del del CD y entras en modo gráfico.
De ahí lo puedes instalar directamente si quieres y en un por favor lo tienes todo rulando.
Una maravilla vamos.