Si el Blender lo tengo en otra partición y el Python en c:\ hay algún problema? Blender debería ponerlo en c:\?
No pasa nada solo hay que marcar la ruta donde esta instalado cada archivo y ya compadre. Pero lo mejor es que trate de dejar todos los programas en la carpeta c o d o eh, en fin trate de que todo le quede en una carpeta.