Hola, hdnvideo, no sé exactamente de que equipo dispones, pero, en principio, te basta con stereovideomaker, para combinar las dos entradas del modo que te parezca más conveniente, anaglifo, side by side, entrelazado, etc.
Otra opción es
After Effects, más profesional, pero bastante más caro, teniendo en cuenta que svm es gratuito.
Otro modo, es disponer de un par de monitores y alimentar cada uno con su corresondiente película, izquierda y derecha, para visualizarlas puedes usar la visión libre, o algún visor específico.
Espero que te sirva de ayuda.