Se pueden usar varios uvmaps en una misma malla Vic, de modo que podrías dejar el que tienes asignado a esa textura y crear uno adicional para usarlo en una nueva imagen donde pintarías lo que quieras añadir y usarías, por ejemplo, un canal alpha para combinarla con la anterior.
También tienes la opción de backear la textura completa del edificio como una nueva imagen y posteriormente pintar sobre ella, dependiendo de lo que quieras pintar con bakear el diffuse color es suficiente.
Edito: Para asignar diferentes uvmaps puedes usar el nodo UV map (input>uv map) y seleccionar el que quieras.
