Hola, si importas un objeto con varios elementos y ZBrush te lo toma como uno solo y lo divide en poly groups. Aislando la geometría por grupo (Control shift sobre el color del grupo), luego le das a clone y te lo convierte en un tool. Luego invertís la selección y borras lo oculto (delete hidden). Posteriormente tendrías que ir agregando con append los nuevos tools obtenidos del objeto original. Un poco complicado.
Es la forma que se me ocurre de hacerlo.