Otra solución, aplicas un material multisubobjeto, dentro de este tendrás los diferentes materiales asignados a diferentes objetos según su id de material, ahora dentro de cada material del multisubobjeto, entras en los mapas que tengas(bitmap, etc), y dentro de ellos donde aparecen las coordenadas de mapeado, hay una opción para seleccionar el canal del mapa, es decir, imagina que a este mapa le asignas un canal 3, ahora en la malla le aplicas un UVW map, y en este seleccionas también el mapa 3, los cambios que hagas en este UVW, solo afectaran a los mapas que estén en el canal 3.