Problema usando edit poly para animar
Mira el conteo de caras del objeto (pon las statistics en el viewport). Si cuando la extrusión esta a cero, el conteo no cambia respecto a cuando no es cero, es que te está metiendo las caras de la extrusión, pero no ocupan espacio, y de ahí la marca.
Puedes intentar resolverlo poniendo un vertex weld encima con un threshold muy bajo (próximo a cero), para qué no se cepille vértices antes de tiempo. Pero aviso: la transición al animar no será suave.
Aquel que pregunta, es tonto un rato. Aquel que no pregunta, es tonto toda la vida.