Según lo que yo he entendido, realizas mal el procedimiento. Creas el lowpoly, mapeas y ese mismo objeto lo suavizas convirtiéndolo en highpoly. Finalmente lo utilizas para texturizar. Te explico el workflow básico, para qué entiendas por qué se hace cada cosa.
Archivo adjunto 224679 1. Crear el lowpoly y mapear. (Los cortes del Unwrap dependen en gran medida del enfoque de cámara con respecto al objeto). Guardar en formato.fbx como miobjeto_low (se guarda en FBX porque relaciona material con elemento, sí, por ejemplo, en max pintas medio cubo con un material standard y el otro medio con otro, dentro de Substance estos materiales aparecen como diferentes elementos).
Archivo adjunto 224680 2. Convierte tu antiguo lowpoly en editable poly y suavízalo. Desfases entre el volumen de low y High Poly crean distorsiones, manchas, aristas oscuras, etc. Guarda como miobjeto_high.
Archivo adjunto 224682 3. Dentro de Substance carga tu miobjeto_low y añade un Ambient Occlusion si no viene por defecto.
Archivo adjunto 224683 4. Realiza un bake cargando como high definition meshes tu archivo miobjeto_high.
Archivo adjunto 224684 5. Tras el bake tu lowpoly adquirirá la apariencia del highpoly. Si desactivas tu normal map y lo activas nuévamente verás la diferencia. Si hay un evidente desfase entre tus mallas aparecerán errores como manchas, líneas negras, borrones, etc. En la imagen puedes ver la diferencia entre esquinas con corte a 45 grados y a la derecha a 90º.
Archivo adjunto 224685 6. Ya puedes texturizar. Si decides exportar tus mapas a otro programa, por ejemplo, KeyShot. Abre tu lowpoly en dicho programa, carga los mapas necesarios. Tras ello tu objeto se verá como un highpoly texturizado. El highpoly en realidad solo nos sirve para hacer el bake.
Aunque este es el procedimiento común existen otros workflows. Como, por ejemplo, trabajar directamente sobre un highpoly. No se hace el bake del normal map, pero hacer Unwrap de un highpoly es más complejo. Aun así, se pueden hacer Unwraps de mallas con millones de polígonos de forma rápida y eficiente.
Espero que te sirva y te deslies.