Es una buena pregunta. Los SD están pensados para albergar tanto al sistema operativo (Windows) como a los programas adicionales ya que se instalan por defecto en la misma partición del disco. Por tanto instala todos los programas en el SD incluyendo las texturas y materiales con los que vayas a trabajar, y deja los datos y copias de seguridad en los discos mecánicos.
Existen herramientas de migración para pasar de un disco duro mecánico a un SD, pero lo ideal es formatear e instalar desde 0.
¿Qué SD vas a comprar?