Hola a todos, bueno, me autorespondo con la solución que he encontrado.
La dejo aquí por si alguna otra alma atormentada le sirviese de ayuda.
El caso es que la haceleración por GPU no funciona de la misma manera en After que en Premiere.
En After hay muchas cosas que no hacen uso de la GPU, como rotear, previsualizaciones sin efectos, el caso es que comencé a descargar plugins de terceros para
After Effects, del tipo Shafire o Video Copilot.
Y ta chan, se solucionó el problema, el caso es que por lo visto After Effects tira mucho de GPU cuando se aplican efectos complejos, que, por ahora solos encontré en plugins externos, pero no lo hace en previsualizaciones normales como ocurre en Premiere Pro.
Respecto a la lentitud a la hora de hacer algunas cosas, creo que el problema viene dado por los discos de memoria virtual, primero por que los tengo hasta arriba de cosas con muy poco espacio libre, y habiendo pasado meses desde la última desfragmentación.
También tengo la teoría de que parte de la lentitud puede ser causada por la configuración de los discos, que al estar en RAID 5 las velocidades de transferencia de datos se resienten.
Tengo en mente (cuando la cartera lo permita) montar un RAID 0 con discos SD para utilizarlos únicamente como memoria virtual. No sé si la inversión estará justificada, tendré que investigarlo, de todas formas, cualquier sujerencia o comentario será muy bien recibido.