Buenas. Pues lo dicho, no he tocado nada, he probado a crear una escena limpia, crear una caja, poner en modo rotar, y me aparecen tanto los controles en el objeto (1 círculo por eje), como el puntero correspondiente. Lo he probado también metiendo un valor numérico para el ángulo.
No sé que puede ser, alguien puede arrojar un poco de luz.
Claro que la opción alternativa es desinstalar/reinstalar, pero me jode tener que reinstalar los plugins.