Hola, si todo funciona correctamente y no tienes nada que bloquee el guardar la configuración, debería funcionarte siguiendo estos pasos, ve al menú y en preferencias activas la opción Enable Customize, una vez los personalizas a tu gusto tienes que desactivar la opción de Enable Customize. entonces guardas con la opción Save UI, y para que cuando reinicies el programa recuerde esta configuración le das a Store Config.
A ver si te funciona así, si no, creo que tienes algún problema para sobreescribir el archivo, pero bueno no adelantemos acontecimientos, dime si te funciona así antes de buscar otros posibles problemas.
Por cierto, si ya tenías una configuración guardada, intenta recuperarla primero, igual te aparece y te ahorras volver a personalizar la interfaz, ve a preferencias y dale a restaurar IU personalizada.
Y si decides crear una nueva, cosa que puedes hacer tantas veces como quieras, no la guardes con el mismo nombre que la anterior, para que el sistema no tenga que sobrescribir, por si tienes algún problema de permisos.
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