En cuanto al primer problema, es posible que haya algún problema de configuración en el PC donde no aparecen las ventanas de configuración del servidor o administrador de red. Podría intentar reinstalar el software de red o verificar que todas las configuraciones de red estén correctas en ese PC.
En cuanto a la segunda pregunta, el cambio de sistema de archivos de FAT32 a NTFS no debería tener ningún efecto en el tiempo de carga del software. Podría haber otros problemas en ese PC que estén causando el problema de rendimiento. Podría intentar realizar una limpieza del sistema, actualizar los controladores y asegurarse de que el PC tenga suficiente espacio en disco libre. También podría ser útil verificar si hay algún proceso en segundo plano que esté utilizando muchos recursos de la CPU.
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