Hola Carlos. No sé si funcionara bien esto que te voy a decir. Creo que lo que quieres hacer es que el volumen que envuelve a tu sistema, malla, Bones, ayudantes, todo, esta girado y no te deja hacer simetrías.
Bueno, pues lo que yo haría, sería editar a nivel de elemento toda la malla, y la giraría hasta que el paralelepípedo de envoltura, por llamarlo de algún modo, estuviera correcto.
Claro, esto te arregla una cosa, y te estropea todo lo demás, porque has movido todos los vértices, y ahora todo el pesado de vértices se te ha ido a la porra.
No sé si saldría bien, guardar el pesado de vértices, previamente al giro de toda la malla, como elemento, resetear todos los vértices de la malla y reasignar los pesos según los huesos.
La verdad, es que yo nunca he guardado pesos de vértices, solos he pesado y a correr, por lo que no sé, si estoy diciendo una barbaridad.
Ya me veo collejeado por Promineo, como si lo viera.
En fin, todo sea por aprender.
Carlos, espero haberte, por lo menos dado una idea para investigar, y si funcionase, comenta cómo se hace de verdad. Un saludo amigos.